Depois de ver Nobara sendo derrotada por Mahito, Yuji perde completamente a vontade de continuar lutando. A perda de sua amiga, de Nanami e de tantas outras pessoas pesa muito em sua consciência...

Depois da batalha final entre o Reino da Ciência e o Reino da Petrificação, todos começam a se preparar para o que vem a seguir. Em meio a isso, mais mistérios começam a surgir em torno de Why-Man.