Vários anos após o fruto de Grisaia ... O que antes era "Mihama Academy", um santuário para meninas jovens, agora foi transformado em uma escola de treinamento da SORD (Organização Especial para Pesquisa e Desenvolvimento), dedicada …

Uma cidade onde os humanos desapareceram por causa de máquinas misteriosas. Renge, uma garota sem lembranças e que viveu sozinha até então, encontra Yuri e outras garotas capazes de lutar contra essas máquinas... e, depois de alguns acontecime…

A chegada de Taiga na Academia Mihama causa pequenas mudanças na Turma A, mas de certa forma são mudanças positivas...